军队应该是一个高度集中统一的武装集团，只有高度的集中统一才有较强的战斗力。统一于文官的兵部虽然不妨害皇帝的中央集权，又能增强军队战斗力。但这种领导体制并不完善，兵部对前线指挥干预过多就是其中之一。

大明朝廷分为中枢、地方、军事三部分。

明代初设中书省，有左右丞相，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部，皇帝直接统领六部，将皇帝集权发展到了高峰。

明成祖朱棣成立内阁，内阁起初只是皇帝的咨政机构。仁宗、宣宗时期，大学士均因有太子老师的恩情，得以累加至太子三孤身份，地位日益尊崇。

宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其远不如杨士奇等内阁成员，内阁的权力日益增大。世宗时期，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部，正式形成为大明的行政中枢 。

内阁辅臣一般封为太师、太傅、太保三公、少师、少傅、少保三孤或叠加中极殿大学士、建极殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士，职位崇高。人数为1人至7人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。

内阁之下设六部。

吏部吏部设正二品尚书1人，正三品左右侍郎2人，正五品郎中4人分管文选、验封、稽勋、考功四个清吏司，从五品员外郎1人，正六品主事3人，七品以下4人，共15人。

吏部为六部之首，掌管全国文官选拔、考核、爵勋评定。除内阁辅臣、吏部尚书、武官外，全国官员皆由吏部会同其他高级官员推选或自行推选。

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户部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中23人、从五品员外郎3人、正六品主事24人，分管13省的13个清吏司以及宝钞提举司、广盈库、军储仓等。七品以下56人，共109人。

户部掌管全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。

礼部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中4人、从五品员外郎1人、正六品主事4人分管仪制、祀祭、主客、精膳四个清吏司以及铸印局等，七品以下5人，共17人。

礼部分掌管礼仪、祭祀、宴飨、贡举以及日常官员行为规范、礼仪礼节、公章管理、荣誉称号、庆典活动组织、庆功宴安排等事务性工作。

其中礼仪、宴飨中包含外交工作。古代汉族礼仪，以祭祀之事为吉礼，丧葬之事为凶礼，军旅之事为军礼，宾客之事为宾礼，冠婚之事为嘉礼，合称五礼。

兵部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中7人，从五品员外郎4人、正六品主事12人，分管武选、职方、车驾、武库四个清吏司以及会文馆等。七品以下7人，共33人。

兵部掌管武官选拔、考核、任命以及军制、训练、征调、镇戍、边防、仪仗、禁卫、驿传、厩牧、军械、符勘、兵籍、武学等军事行政，其堂官往往督军出征，掌管军队进退、赏罚，职权尤重。相当于21世纪的国防部。

刑部设正二品尚书1人、正三品侍郎2人、正五品郎中13人，从五品员外郎1人、正六品主事17人，分管13省13个清吏司。七品以下9人，共43人。

刑部掌管立法审定、刑狱。复核各地的刑案以及直接审理京畿地区的案件。

工部设正二品尚书1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中8人，从五品员外郎6人、正六品主事13人，分管营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司以及宝源局、军器局等，虞衡是掌官山林川泽，都水是负责水利设施修护。七品以下32人，共62人。

工部掌管全国工程事务，负责全国的桥梁、宫殿、大堤、水利等大型土木工程的营建，也管理部分开矿、冶炼。