五军都督府在京有37卫，分别是留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫、留守右卫、虎贲右卫、武德卫、留守中卫、神策卫、应天卫、和阳卫、留守前卫、龙骧卫、豹韬卫、留守后卫、鹰扬卫、兴武卫、大宁中卫、大宁前卫、会州卫、富峪卫、宽河卫、神武左卫、昭陵卫、忠义左卫、忠义右卫、忠义前卫、忠义后卫、义勇中卫、义勇左卫、义勇右卫、义勇前卫、义勇后卫、武成中卫、蔚州左卫。

37卫总编制约 20万人，分驻于顺天府的良乡县、固安县、永清县、东安县、香河县、涿州以及通州辖区的武清、漷县、三河等地。五军都督府被兵部架空，兵权尽归兵部。

另外通州团练山陕兵约6000人，昌平团练河南兵约2000人，天津驻扎的团练和各地援辽兵约人，天津海防营和借调至天津的江北、江南水兵总计约7000人。

边军密云镇约人、昌平镇约人，战斗力不可小量。

卫所、团练、边军总计约28万余人马。虽然这些军队吃空饷严重，具体兵力不明，但也是一支不可小嘘的力量。

这些军队本是拱卫京城的重要力量，如今却成为朱由校的威胁。

卧榻之侧岂容他人酣睡。不将这些军队完全掌控，朱由校夜不能寐，一直焦急的等待着各地的消息。

朱由校一直等到凌晨，随着总参谋部陆续的汇报。

除了昌平、密云发生了小范围的武装冲突外，其他地方的军队，在强大的武力震慑和朱由校手令双重压力下，皇家卫队兵不血刃，全面控制顺天府各地的卫所、边军。

天津辖区的军队由天津海上巡逻队全面控制。

皇家卫队和特勤师彻底掌控京城以及顺天府地区的防务，顺天府辖区的军队全部被控制在营地，接受整肃审查。

朱由校终于松了一口气。

泰昌元年9月初2。

朱由校彻底掌控京城以及顺天府的防务，立即借着红丸案的名义，将调查范围扩大到五军都督府。

五军都督府被皇家卫队全面封锁，大批高官、勋贵被控制在五军都督府或者各自的府邸。

五军都督府起初为大都督府，由太祖皇帝朱元璋建立。

由中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府组成，是统领大明全国军队的最高军事机构。

兵部和五军都督府都听命于皇帝， 五军都督府有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。

土木之变后，五军都督府的权力很大程度上转移到了兵部。

五军都督府由大量的皇亲勋贵执掌，掌府官员尸位素餐。明代中后期五军都督府逐步失去了参政、议政权，变成受制于兵部执行命令的机构。

明朝末年，都司卫所任命官员连呈送五军都督府的步骤都直接省去，五军都督府彻底丧失了武将官员的选拔任命权。 军队操练、军事情报等无权干预，五军都督府实权削弱殆尽。

五军都督府权力的削弱和兵部权力的加重，表明明代的军事领导体制是以文制武，统一于文官的兵部。