按照军队整肃整编整训条例，四卫营、勇士营、五城兵马司、巡捕营、上直25卫、五军都督府在京37卫、京师三大营、密云镇、昌平镇、天津海防营、天津团练和援辽驻军裁撤编制。军产军资由皇家卫队接管，被挪用侵吞的军产军资进行追讨。

剩下约31万人，其中约9万老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，发放退伍费遣返原籍或就地安置为民。

甑选整编3个师名青壮，进行为期半年的封闭军事训练和文化学习。其它约18万人整编为工程部队加入中华建筑民工大军。

通过京城军队的整肃，天津海防游击贺虎臣、昌平镇游击汤九州、京营参将孙应元、游击周遇吉、贺珍、徐文朴、姜应魁，以及毛维张、任之华、王忠、李忠、杨二虎、乙邦才、马应魁、庄子固、楼挺、江云龙、李豫、陶国祚、许谨、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁、李大忠、孙开忠、解学曾、高其勋、陈正、王承宪、翁之琪、朱旻如、刘世勋、鲁之玙等一大批为大明尽忠殉国的忠臣良将被发现，这些人才全部送入皇家军事大学进行半年的封闭进修学习。

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贺虎臣出生于1590年，保定人。历任天津海防游击、登莱参将、兖州参将。天启6年任延绥副总兵。崇祯2年任宁夏总兵，崇祯6年，林丹汗率五万蒙古骑兵入寇，贺虎臣寡不敌众，英勇殉国。

汤九州出生于1595年，南直隶池州府石埭人。累官至昌平副总兵。崇祯时与农民军作战，战败殉国。

孙应元出生于1599年，历任京营参将、训练勇士营、京营副总兵、总兵。崇祯15年与农民军作战，孤军无援，英勇殉国。

周遇吉出生于1600年，字萃蓭，辽东锦州人。周遇吉少时有胆量气力，喜好射猎禽兽。历任京营游击、前锋营副将、山西总兵。崇祯17年死守宁武关，战败殉国。

泰昌元年11月24。

被严厉惩处的违法犯罪人员陆续押往唐山重工业基地矿场执行劳动改造。

判处绞刑的太监宫女400人、四卫营和勇士营30人、锦衣卫和东厂4000人、五城兵马司和巡捕营2000人、上直25卫和五军都督府在京37卫850人、五军都督府和京营450人、边军400人、天津海防营和天津驻军200人，总计约8300人被押往永定门外执行绞刑，轰动朝野。

王安、黄钧庭、崔文升、卢受、邹义等几名太监因牵连红丸案，暂缓执行。

被抄没家产，废黜爵位、判处绞刑的勋贵，念其祖上的贡献，网开一面，免除死罪。本人及其老婆、子女在卧佛寺集训营里面的一处特别集训营关押，进行长期的军事集训和政治思想教育。能否恢复自由，看改造表现。

《中华时报》《内参》将被判处绞刑罪犯的罪行公之于众，被惩处的官员作为反面教材大肆宣传。

普通老百姓大仇得报、沉冤昭雪，无不拍手称快，到处燃放鞭炮进行庆祝。

京城、顺天府地区军队整肃时，牵连出一大批官员。

朱由校安排新锦衣卫国安部孙忠国、监察部周忠实成立贪腐窝案专案组，秘密进行调查，收集证据，追查其它违法犯罪行为，必要时秘密控制。军队整肃暂时不扩大范围，时机还不成熟，让涉及贪腐窝案的官员再蹦跶几天。