皇家卫队总参谋部、总政治部按照从重从严从快惩处军队违法犯罪的原则，按照兵在精而不在多，将在谋而不在勇的原则，编制出大明军队整肃整编整训条例，经朱由校审查调整后，开始全面颁布执行。

大明军队整肃整编整训条例对于违法犯罪情节较轻的，十倍罚没违法所得。签订认罪书后，予以释放回家。

对于吃空饷、卖官鬻爵、贪污腐败、挪用盗取军队财物、玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，渎职失职、虐待士兵、残害忠良、祸害百姓、贪生怕死、避战畏战、临阵脱逃的和其它违法乱纪的官兵。

情节严重的抄没家产后，判决3年至20年有期徒刑，押送至矿场劳动改造。

情节特别严重的抄没家产后，判决无期徒刑，押送至矿场劳动改造。

渎职失职造成军队巨大损失的、罪大恶极涉及人命和通敌卖国的，没收全部家产，执行死刑。

朱由校作为21世纪的现代人，废除了凌迟、腰斩、砍头、枪毙这些血淋淋的死刑，采用绞刑，给罪犯留个全尸。

军队违法犯罪分子整肃后，对于没有违法犯罪行为的官兵，16至24岁的基层士兵，根据自愿原则，愿意从军的，经过甑选，编入皇家卫队，进行整编整训，享受皇家卫队同等待遇。

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老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，遣返原籍或就地安置为民。根据从军年限，一次性发放不低于一年饷银的退伍费。从军年限每增加一年增加一个月饷银的退伍费，不足一年按照一年计算。为奖励这些人对大明朝廷的贡献，特赦其军户改民户。

其它人员全部整编为工程兵，军户改民户，加入中华建筑的建设大军，为大明的基础建设再立新功。待遇同中华建筑民工。

百户以上的军官，年龄40岁以上的，予以转业，由籍贯所在地相关单位安置工作。年龄60岁以上的，光荣退休，每月按照在职时工资标准的50%发放退休金，直至终老。对于年龄超限，又特别优秀、军队特别需要的，经皇家卫队总参谋部批准后留用。

四卫营和勇士营经过整肃，花名册编制4800人，实际人数基本一致。

按照军队整肃整编整训条例，约300名违法犯罪人员被严厉惩处，以镇远侯顾大礼、安远侯柳祚昌、阳武侯薛濂、怀宁侯孙承荫为首的约30人被判处绞刑。

通过四卫营和勇士营的整肃，抄没家产现银约120万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约60万银元，土地约5万亩。大部分抄没来自2名勋贵。

锦衣卫和东厂经过整肃，锦衣卫南镇抚司全体锦衣卫以及外派的所有锦衣卫回京，花名册编制约6万人，实际人数约4万人。

按照军队整肃整编整训条例，约2万名违法犯罪人员被严厉惩处，骆思恭、许浩然、周应乾、王应元、杨汝敏、许浚祥、杨光夔、侯昌国、王应元、张懋忠、陈居恭、万邦孚、田尔耕、叶世、周显祚、覃恩、王世盛、陈承顺、陈焕章、史世载、邢元吉、沈光裕、徐本高、吴尧年、周显祚、刘侨、崔应元、梁慈、李世忠、李不矜、许显纯、孙云鹤、杨寰、赵泗洲、王鹏翀、乔可用、孙光、刘应袭、马国瑊、齐昌国、梁清宏、吴邦辅等约4000人被判处绞刑。

锦衣卫和东厂一半官兵涉案，真是烂到根子里去了。

大部分情节严重，巧取豪夺、贪赃枉法、草菅人命，触目惊心，吃空饷与这些违法案件相比已经不值一提，必须处以极刑。

通过锦衣卫和东厂的整肃，抄没家产现银约1000万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约500万银元，土地约200万亩。