因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，占领澎湖。在岛上伐木筑舍，为长期占领澎湖作准备。

福建都司沈有容得知消息后，率兵到澎湖，严令韦麻郎离开。韦麻郎面对武力威逼，被迫退出澎湖，回到爪哇巴达维亚。

中荷之间的第一波冲突告一段落。

澎湖马公镇为纪念此事立碑，碑文上书沈有容谕退红毛夷麻朗碑。

荷兰人第二次占领澎湖列岛后，抢走澎湖附近600余艘各类渔船，俘虏约1150名中国人，强迫中国人在澎湖风柜尾修建城堡。

在筑城过程中约600名中国人被活活累死，剩下的幸存者被塞进黑船，遣送到巴达维亚当做奴隶叫卖。

俨然把澎湖列岛视为自己的囊中之物。

荷兰人不仅侵占澎湖列岛，随后还出动15艘战船攻击漳州港，并强行登陆，将沿海地区洗劫一空。

初战胜利的荷兰人，又调来3艘战船到澎湖增援，荷兰舰队的战船数量达到18艘。

荷兰人以战船封锁漳州港，以武力威胁明朝，向荷兰人开放通商口岸，割让澎湖列岛的所有权，禁止与葡萄牙、西班牙进行贸易。

明朝水军面对高大坚厚、火炮迅猛的荷兰舰队，根本无法抗衡。

直到天启4年8月，南居益、俞咨皋率大军与荷军苦战七个月，取得澎湖之战的胜利，才收复澎湖列岛。荷将高文律等12名俘虏被押往北京斩首。

荷兰舰队残部逃往台湾台南，开启了殖民台湾的历史。

荷兰人图谋台湾已久，早在天启元年11月，荷兰人从捕获的西班牙船上获悉西班牙人占领台湾的计划，就开始了殖民台湾的计划。

荷兰人攻占澎湖后，就派船到台湾进行探勘，并采用欺骗的手段在台南建立了一座简单的砦城，派兵驻守，为入侵台湾进行准备。

荷兰舰队残部登陆台南后，立即在砦城原址上修建热兰遮城，并在北线尾岛建立热堡，在赤嵌地区建立赤嵌城、赤嵌楼。

热兰遮城也成为荷兰人统治台湾全岛和对外贸易的总枢纽。

荷兰人占领台湾不久，就同日本人、西班牙人发生冲突。

天启六年，日本人滨田弥兵卫到台湾买生丝，向荷兰人借用戎克船到泉州运回货物遭拒后，引起日本人的强烈不满，双方发生冲突。

荷兰巴达维亚方面感到事态严重，将荷兰的台湾长官彼得·奴易兹撤职，并引渡至日本监禁，荷兰人在日本的贸易才获得恢复。

同年，西班牙沿台湾东海岸北上，绕过三貂角，相继占领鸡笼、淡水。荷兰人为了对付西班牙人，曾多次派人到鸡笼侦察。

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