固始汗对满清保持名义上的臣服，青藏高原名义上纳入满清版图。

固始汗将大部分区域的行政权力交给摄政者索南群培和五世达赖阿旺罗桑嘉措，部分区域交给四世班禅额尔德尼·罗桑却吉坚赞，使得摄政者索南群培和五世达赖确立了在藏区的领袖地位。

1645年，固始汗赠给四世班禅额尔德尼·罗桑却吉坚赞班禅博克多称号，确立了班禅活佛转世系统，成为西藏政治、宗教史上一件具有深远影响的大事。

固始汗改变了西藏的诸教派地位关系，重建布达拉宫、扩建大昭寺，独尊格鲁派，对此后的青藏高原历史影响深远。

明末时期，藏传佛教经过发展和传承，主要分成宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派五大教派。

宁玛派是藏传佛教最古老的一个派别，由于该教派僧人只戴红色僧帽，因而又被称为红教。

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宁玛派着名的寺庙有西藏的多吉扎寺、敏珠林寺，四川的噶托、竹庆、白玉、协庆等寺。

噶当派是藏传佛教中比较早的派别。由于教理系统化、修持规范化，因而对藏传佛教其他各派都有重大影响。

藏传佛教中一切大论的讲说，也都源于噶当派。

萨迦派因该派的主寺萨迦寺建寺所在地呈灰白色而得名。

由于该教派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条，故又称花教。

萨迦派重要的寺院除了萨迦主寺外还有贡钦寺、结古寺、示藏寺、那烂陀寺等。

噶举派是藏传佛教支派最多的教派。噶举藏语意为口授传承，即其传承金刚持佛亲口所授密咒教义。

因该派僧人按印度教的传统穿白色僧衣，故称为白教。噶举派主要寺院有西藏墨竹工卡的止贡寺、四川德格的八邦寺等。

格鲁派因教理源于噶当派，故称新噶当派。

由于此派戴黄色僧帽，故又称为黄教。格鲁派兴起后，原属噶当派的寺院都逐渐成了格鲁派的寺院，噶当派从此在藏区隐灭。

格鲁派经满清统治者的大力扶持，发展迅猛，最终成为西藏信徒最多，影响最广的佛教派系。代表寺院有甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺。

活佛转世制度的采用是格鲁派走向兴盛的转折点。满清时期，格鲁派形成达赖、班禅、内蒙古章嘉活佛、外蒙古哲布尊丹巴四大活佛转世系统。

藏传佛教发展至现代，红教宁玛派、花教萨迦派和白教噶举派已远远比不上黄教格鲁派，但在西藏仍有信徒，保持一定的势力和影响。

白利土司信奉的西藏本教，为西藏最古老的象雄佛法，既是古象雄文化的核心，也是西藏民族传统文化和藏传佛教的源泉，是青藏高原的人们献给世界的瑰宝和值得藏族人民骄傲的宝贵精神财富。

佛曰：菩提自性，本来清净，佛无南北，不分汉藏，但用此心，直了成佛。

大明的民族政策、边疆政策、宗教政策变革，势在必行。

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