1514年，东察合台汗国满速尔汗的三弟赛依德建立伊斯兰教地方政权叶尔羌汗国，首府叶尔羌，叶尔羌又名莎车。

叶尔羌汗国建立后，东察合台汗国分裂为占据喀什、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国，以及占据吐鲁番、哈密的东察合台汗国正支汗统吐鲁番汗国。

叶尔羌汗国的势力逐渐渗入伊犁河谷、巴尔喀什湖、巴达克山、帕米尔高原南部的瓦罕地区、克什米尔，并一度深入到巴基斯坦俾路支地区。

1570年，叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域，吐鲁番汗国灭亡，东察合台汗国正支汗统结束。

叶尔羌汗国鼎盛时期人口约70万，疆域东起嘉峪关，南至西藏，西南至克什米尔，西至费尔干纳盆地与布哈拉汗国为邻，北至巴尔喀什湖以东以南地区。包括伊赛克湖地区、费尔干纳盆地、巴达克山地区、帕米尔高原南部的瓦罕地区以及吐鲁番、哈密等吐鲁番盆地地区。

1594年，赛依德的孙子阿不杜热依木，在吐鲁番建立政权，统辖东起哈密西至拜城之间的塔里木盆地的北缘地区，并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服。叶尔羌汗国开始分裂，衰败自此开始。

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1627年，阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。阿不杜拉带领吐鲁番军队再次统一叶尔羌汗国，并使哈密臣服。

接着出兵伊犁河谷，在巩乃斯草原击败准噶尔军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。

经过一系列战争，叶尔羌汗国占领塔什干和费尔干纳盆地。叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域。

叶尔羌汗国后期，陷入严重的教派斗争之中。1680年，伊善教派的白山派首领联合准噶尔可进军叶尔羌，叶尔羌汗国灭亡。

察合台汗国统治河中地区、新疆地区百余年，曾经富裕而安详。建立它的是蒙古人，让它忍受战乱之苦的也是蒙古人，真正推倒它的也是蒙古人。

帖木儿帝国是西察合台蒙古贵族帖木儿于1370年在中亚河中地区的建立的帝国。首都最初为巴里黑，后相继迁都撒马尔罕、赫拉特。

帝国鼎盛时期疆域，北起锡尔河、咸海，南至阿拉伯海、波斯湾，横亘从小亚细亚到印度德里的西亚、中亚、南亚地区以及费尔干纳盆地。

帖木儿去世后，其子孙相互争夺王位，帖木儿帝国逐渐走向分崩离析。

1500年，帖木儿帝国被乌兹别克族首领昔班尼灭亡，建立布哈拉汗国昔班尼王朝。帖木儿五世孙巴布尔败逃至喀布尔，并在南亚开创了莫卧儿帝国。

金帐汗国又称钦察汗国，由成吉思汗长子术赤之次子拔都于1243年所建，都城拔都萨莱，位于在阿斯特拉罕以北120公里的谢利特连诺耶。

由于拔都的大帐使用金顶，因此在欧洲史书中称作金帐汗国。

金帐汗国第九代大汗月即别汗即位后，迁都伏尔加格勒附近的新萨莱。月即别汗建立了中央集权，与伊利汗国、埃及等国通好，对外贸易兴隆，金帐汗国达到了极盛时期。疆域东起额尔齐斯河，西至匈牙利、波兰一带。

14世纪后期，蒙古贵族对外不断进行掠夺战争，内部又互相争斗，使汗国走向衰落和瓦解。花剌子模、克里木、保加尔逐渐从金帐汗国中分裂出去，金帐汗国同时又遭到中亚帖木儿帝国的侵袭。

15世纪中期后，金帐汗国正式分裂为东部的哈萨克汗国、西部的喀山汗国、克里米亚汗国、阿斯特拉罕汗国、 西伯利亚汗国、诺盖汗国、大帐汗国等政权。

金帐汗国的正统汗位由大帐汗国继承，但他的实际地位同于其他汗国。大帐汗国位于乌拉尔河和第聂伯河之间的草原，首都萨莱，取代金帐汗国原中央部分。

1502年，末代大汗赛克赫阿里被克里米亚汗国击败，金帐汗国灭亡。克里米亚汗国成为金帐汗国继承人。