这次巡海，成为以后明军巡海的定例，每春以舟师出海，分路防倭，迄秋乃还。但是后来卫所水师废弛，战船残破，根本无力组织起大规模的海上行动，这种巡海备倭也就逐渐停止了。

这次胡宗宪再次上疏朝廷，要求沿海各省广造战船，恢复明初的巡海制度。

在胡宗宪积极谋划浙江备倭的时候，朱载坖也在思考浙江的御倭，和胡宗宪不同的是，朱载坖考虑的是近在咫尺的倭寇南京事件，现在离嘉靖三十四年只有数月了，嘉靖三十四年六月，这股倭寇就是从绍兴府上虞县爵溪所城登陆，随后抵达会稽县高埠，一路从浙江杀奔南直隶的。

朱载坖知道，经历了两场大胜之后的嘉靖，若是知道此事，一定会极为震怒，到时候事涉官吏肯定会被他严惩，胡宗宪死不死的自有严阁老去操心，现在朱载坖关心的是此事到时候不要牵连到戚继光，那就大事不妙了。

朱载坖虽然想向嘉靖上疏直接陈说此事，但是总不可能直接告诉嘉靖，明年六月，有股倭寇准备到南京去玩吧！朱载坖要是真的这么说了，恐怕会被嘉靖当成疯子处理。

朱载坖只得上疏指出明军在备倭上的短板。主要有三个问题，即兵力不足，战力低下，城池未备。

首先就是兵力不足，作为大明正规军的卫所官军，此时已经完全堕落，不堪战阵。历次作战中官军数量很少，反而大量依靠民壮、乡兵及商民的力量来抵御倭寇。浙江沿海海防卫所，徽州府、宁国府、太平府的驻防卫所，乃至作为留都南京城所在地的应天府， 数额理应相当巨大的卫所官军，面对倭寇的袭扰，全无作为。

唐顺之曾经写信给朱载坖，叙述了他巡视南直隶卫所的所见：国初沿海建设卫所，联络险要。 今军伍空缺，有一卫不满千余，一所不满百余者。

一卫本应有五千六百官军，一所应有一千一百二十人，缺额竟达九成之多。

至于明军的战力低下，自不讳言，卫所兵若是有用，东南的督抚也不会请调客兵或者训练营兵了。

至于城池，朱载坖直接在奏疏中说道：然浙之嘉湖与直之江南诸郡，固泽国也，县多无城，府虽有城而弛斥不堪御寇，况承平日久，骤加倭警，非惟乡民奔窜不自保，凡城中居民亦无固志。

同时提出了御倭的三种方式：今日海防之要惟有三策：出海会哨，毋使入港者， 得上策；循塘拒守，毋使登岸者，得中策；出水列阵，毋使近城者，得下策；不得已，而至守城，则无策矣。

写好之后，朱载坖遣滕祥将奏疏送交黄锦，请他代奏。